🔍 耿同学打假报告

论文信息

• 标题：Long Noncoding RNAs Coregulated by Annexin A7 and JNK in Hepatocellular Carcinoma Cells Identified by Whole-Genome Expression Profiling
• 作者：Qi Deng, Lianhong Li, Yanling Jin
• 期刊：BioMed Research International (Hindawi)
• DOI：10.1155/2020/5747923
• 发表年份：2020
• 论文来源：JYL.pdf

综合评定：🟠 高度可疑

详细发现

发现 1：方法学照抄不换脑（lncRNA测序写出mRNA片段化）

• 位置：Section 2.3 (Establishment and Sequencing of RNA Libraries)
• 描述：文章声称为了鉴定 lncRNAs，使用了去除核糖体RNA的 Ribo-Zero 方法，但紧接着在后续步骤描述中赫然写道：“the mRNA is fragmented into small pieces”（mRNA被片段化）。并且提到“第一链cDNA...第二链cDNA...”。
• 证据：如果做的是 Total RNA/lncRNA 测序（使用 Ribo-Zero），保留的应该是全部 RNA，通常的术语是 "RNA is fragmented"。只有在传统的 Poly-A 富集 mRNA 测序中，才会特意强调 "mRNA is fragmented"。这种表述说明作者极有可能直接从某篇做 mRNA-seq 的论文里大段 Copy-Paste 了方法学部分，连最基本的名词都没改。
• 严重程度：🔴

发现 2：加起来超过100%的“魔法培养基”

• 位置：Section 2.1 (Cell Lines and Cell Culture)
• 描述：作者描述细胞培养体系为：“90% RPMI 1640 medium... supplemented with 1% gentamicin/streptomycin... and 10% fetal bovine serum”。
• 证据：90% + 1% + 10% = 101%。这是学术界经典的“复制粘贴综合症”并发症。真实情况通常是 89% 基础培养基 + 10% FBS + 1% 双抗，或者 90% + 10%（不提抗生素体积），作者在凑数字时显然没有过脑子。
• 严重程度：🟡

发现 3：统计学悖论——巨大的差异竟然不显著？

• 位置：Section 3.8 & Table 3
• 描述：在 Table 3 中，列出了顺式靶基因的 RNA-seq 差异表达结果。其中 Rdm1 基因在 shRNA-ANXA7 组中的 Fold change 为 4.157（即表达量变化了4倍多），但后面的 P 值竟然标为 > 0.05（不显著）。同时，CD55 的 Fold change 为 0.544（下调近一半），P 值也标为 > 0.05。
• 证据：在转录组测序中，如果一个基因的表达量发生了 4 倍（log2FC = 2）或一半（log2FC = -0.88）的变化，在正常的生物学重复下，极大概率是具有统计学显著性的。Fold change 高达 4 倍却 P > 0.05，这意味着三次重复中数据的方差大得离谱（比如分别是 0.1, 8.0, 4.0），或者作者仅仅做了两次重复（N=2），又或者——这个 4.157 的 Fold change 是通过某种不可描述的方式“造”出来的。
• 严重程度：🔴

发现 4：不符合生物学常识的“超高/超低”标准差

• 位置：Section 3.6 & 3.7 (Results)
• 描述：qRT-PCR 验证数据中，ENSMUST00000130486 的表达量为 59.4% ± 1.3%；而 ENSMUST00000197932 的表达量为 1175.4% ± 547.6%。
• 证据：真实生物学重复的 qPCR 数据中，不可能出现 59.4% 却只有 1.3% 标准差的“完美无瑕”的情况（变异系数 CV 仅为 2%）。相反，1175.4% ± 547.6%（CV 高达 46%）说明数据极度不稳定。同一批实验中，不同基因的数据呈现“要么死水一潭，要么波涛汹涌”的两极分化，高度怀疑数据经过了人工挑选或修饰。
• 严重程度：🟠

发现 5：顺式调控逻辑自相矛盾

• 位置：Section 3.8 & Discussion
• 描述：文章核心发现是敲低 ANXA7 后，lncRNA NONMMUT012084.2 显著下降（qPCR确证）。但 Table 3 显示，其顺式靶基因 Rdm1 在敲低 ANXA7 后，Fold change 为 4.157（即显著上升了4倍，尽管作者强行标注 P>0.05）。
• 证据：顺式调控通常表现为同向变化。如果 lncRNA 大幅下降，其邻近的靶基因不太可能突然暴增4倍。作者在讨论部分试图掩盖这一矛盾，强调“change was not statistically significant”，但 Table 3 清清楚楚写着 Fold change = 4.157。这种逻辑割裂说明作者可能根本不理解自己跑出来的生信分析结果，或者生信分析的数据本身就是强行拼凑的。
• 严重程度：🔴

发现 6：图片图注的低级错误

• 位置：Figure 6(b) 图注
• 描述：图注原本应该标明实验组别，却赫然写着：“shRNA-JNK, shRNA-JNK, shRNA-ANXA7, shRNA-ANXA7, control-shRNA, control-shRNA”。
• 证据：同样的组别在图注中被重复打印了两次。这进一步实锤了作者在排版和数据处理时的极度敷衍态度，连基本的图注校对都没有做。此外，Figure 2(c)(d) 的图注中也将 shRNA 错拼成 "snRNA"。
• 严重程度：🟡

(注：由于仅提供纯文本，无法对 Western Blot 等图片的像素、拼接痕迹、背景噪点进行第一式和第三式的视觉检测，但现有的文本逻辑已足够令人惊叹。)

耿同学辣评

这篇论文堪称“Ctrl+C 和 Ctrl+V 的巅峰之作”。做 lncRNA 测序，方法学里却大言不惭地写着“我们把 mRNA 给碎啦”；配培养基 90+10+1=101%，这是打破了质量守恒定律；更离谱的是，RNA-seq 跑出 4 倍的 Fold change，硬是睁着眼睛说它“没有显著性变化”（P>0.05）。这种“只要我胆子大，统计学意义算个啥”的科研态度，建议直接转行去写科幻小说，别拿 Hindawi 的版面费开玩笑了！

建议后续行动

• 在 PubPeer 上提出质疑（附上 4.157 Fold change 但 P>0.05 的离谱截图）
• 联系作者要求提供 RNA-seq 的原始 fastq 文件和比对统计表（看看是不是 N=2 导致的不显著）
• 向期刊编辑部举报其方法学抄袭及数据异常矛盾
• 建议作者重新学习小学加法（90+10+1=101）以及高中生物统计学基础

⚠️ 免责声明

本报告由 AI 辅助生成，仅供学术讨论参考。
学术不端的最终认定需要专业机构调查。
我们支持学术诚信，但也尊重每一位研究者的名誉权。
如有异议，请以官方调查结论为准。
本工具不保证检测结果的准确性，误报和漏报均有可能。