🔍 耿同学打假报告

论文信息

• 标题：UDA-seq: universal droplet microfluidics-based combinatorial indexing for massive-scale multimodal single-cell sequencing
• 作者：Yun Li, Zheng Huang, Lubin Xu, Yanling Fan, Jun Ping, ... , Lan Jiang
• 期刊：Nature Methods (Volume 22, June 2025)
• DOI：https://doi.org/10.1038/s41592-024-02586-y
• 发表年份：2025 (Published online: 20 January 2025)
• 论文来源：s41592-024-02586-y.pdf

综合评定：🟡 存疑

详细发现

发现 1：数据造假检测（“完美”的临床相关性）

• 位置：Figure 4d
• 描述：在代谢相关肾损伤的临床相关性分析中，作者展示了基于单细胞数据计算的“代谢损伤评分”与临床估算肾小球滤过率（eGFR）之间的相关性。
• 证据：文中声称相关系数 r = -0.99，P = 0.00125。在真实的临床单细胞测序数据中，由于样本异质性、批次效应和疾病复杂性，将单细胞推导的基因特征与临床表型（如 eGFR）进行关联时，相关系数极少能达到 0.99（这几乎是机器的直线）。考虑到该组仅有 n=5 个供体（根据图 2a 代谢组 n=5），这种“教科书式完美”的负相关极度不符合生物学常理，高度疑似为了迎合结论而进行了过度的数据筛选或“修饰”。
• 严重程度：🟠

发现 2：产出异常检测（“超人”般的通量与效率）

• 位置：全文结果部分
• 描述：该论文声称在单一稿件中完成了极其庞大的工作量，且时间线极为紧凑。
• 证据：论文 Received: 24 June 2024。在此之前，作者声称不仅开发了 UDA-seq 技术，还完成了：1. 物种混合验证；2. 35例临床肾脏活检样本的 Multiome 测序及分析（含 60/68 个亚群聚类、SCENIC+、CellChat 分析）；3. 38例女性衰老队列的 PBMC 5'-RNA/VDJ 测序及分析；4. 针对 46 个基因（255个sgRNA）的 CRISPR 筛选。这种在短时间内同时并行推进多个超高通量临床课题并完成深度生信分析的产能，即使对于大型实验室也堪称“奇迹”。这种“全家桶”式的数据堆砌，虽然在 Nature Methods 中常见，但也常常掩盖了方法学上的取巧或数据美化的痕迹。
• 严重程度：🟡

发现 3：统计学异常检测（CRISPR 筛选的统计效力存疑）

• 位置：Figure 6h
• 描述：在 CRISPR 筛选实验中，作者展示了几个靶基因（BRD1, BRD4, BAZ2A, BRD8）敲低后 MYC 表达量的下降。
• 证据：图注声称使用双侧 t 检验（two-sided t test）计算 P 值，并给出了 n=5（对于靶基因）和 n=10（对于对照）。然而，在单细胞 CRISPR 筛选中，这里的“n”通常指代细胞数量或 sgRNA 数量。如果 n=5 代表生物学重复，这与方法部分描述的“单一通道（One channel）”实验不符；如果 n=5 代表每个 sgRNA 仅检测到 5 个细胞，如此小的样本量在单细胞数据的高噪音背景下，得出显著 P 值（如 0.039）的可靠性极低。
• 严重程度：🟡

发现 4：方法学异常检测（自引与新颖性包装）

• 位置：References 10 & 62
• 描述：作者在引言和方法部分引用了自己的前期工作 FIPRESCI-seq2 (Ref 10) 和一篇 Protocol 文章 (Ref 62)。
• 证据：论文的核心卖点是“Universal”和“Post-indexing”。但仔细阅读发现，该技术高度依赖 10x Genomics 商业化仪器的“过载”操作，这与近几年流行的其他 combinatorial indexing 思路相似。作者将其包装为全新的“UDA-seq”，但实质上可能是对已有技术（如 FIPRESCI）的微调和大规模应用。这虽然不是造假，但存在过度宣传技术新颖性的嫌疑。
• 严重程度：🟡

发现 5：图片复用检测（受限于文本无法进行）

• 位置：N/A
• 描述：由于仅提供 PDF 文本，无法进行像素级对比。
• 证据：文本中未发现明显的图片复用描述冲突，但 Western Blot 或凝胶电泳图的检测在此受限。
• 严重程度：N/A

耿同学辣评

这哪里是做科研，这简直是在造高达！在不到一年的时间里，不仅顺手搞了个“通用型”技术，还把肾脏活检、衰老队列、CRISPR 筛选全做了一遍，甚至连 \(r=-0.99\) 这种连上帝都很难画出的完美直线都搞出来了。这种“全能型”选手，建议直接保送诺贝尔奖，或者...送进实验室查查原始数据。

建议后续行动

• 联系作者要求提供 Figure 4 中代谢组（n=5）的原始散点数据，验证 \(r=-0.99\) 的真实性
• 要求作者澄清 Figure 6h 中 CRISPR 实验的 n=5 具体指代（细胞数还是 sgRNA 数）
• 在 PubPeer 上提出关于数据完美性的质疑
• 检查其引用的参考文献 (Ref 41 SCIPAC) 是否存在“先有结论后有方法”的时间线问题

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