🔍 耿同学打假报告

论文信息

• 论文来源：TREE.pdf
• 标题：Interpretable identification of cancer genes across biological networks via transformer-powered graph representation learning
• 作者：Xiaorui Su, Pengwei Hu, Dongxu Li, Bowei Zhao, Zhaomeng Niu, Thomas Herget, Philip S. Yu & Lun Hu
• 期刊：Nature Biomedical Engineering (Volume 9, March 2025)
• DOI：https://doi.org/10.1038/s41551-024-01312-5
• 发表年份：2025 (Published online: 9 January 2025)

综合评定：🟡 存疑

(注：本文为一篇纯计算生物学/人工智能算法层面的学术论文，不涉及传统的“湿实验”如 Western Blot、流式细胞术或动物实验，因此“耿同学六式”中针对图片造假、PS拼接的检测维度不适用。打假重心转移至代码逻辑、数据集引用与图表一致性上。)

详细发现

发现 1：方法学与图表内容不一致（“幽灵”算法突然现身）

• 位置：Figure 6f (Venn diagram) vs Methods (Comparison methods)
• 描述：在 Fig 6f 的 Venn 图中，作者为了对比自家模型 (TREE) 和其他模型找出的癌症基因，画了一个韦恩图。韦恩图里赫然出现了一个名叫 "RF" 的模型！但是，通读全文的 Methods 部分以及前面的 Baseline 对比（Fig 2），作者明确表示只使用了 5 个 SOTA 模型：LAP, DW, LINE, EMOGI, GAT。在 Methods 文本中虽然提到将 LAP、DW、LINE 结合了随机森林分类器，但在正文 Results 的逻辑中，这通常被视为这三个方法的衍生，而并未将 "RF" 作为独立的第五大基准模型。Venn 图的图注甚至标注了 "RF" 的独特贡献。
• 证据：Fig 6f 文本中明确列出了 "LAP, DW, LINE, EMOGI, GAT, TREE, RF" 七个圈，而正文一直宣称与 "5 SOTA methods" 进行对比。
• 严重程度：🟡 (属于图注与正文描述脱节的“笔误”，但在严谨的生信算法文中，这种概念混淆会带来代码复现的困扰。)

发现 2：统计学显著性符号系统“精神分裂”

• 位置：Figure 4 vs Figure 6 (Caption 及图表内的 P值标注)
• 描述：作者在不同的图表中使用了完全不同的 P 值显著性阈值定义。
  • 在 Figure 4 的图注中，作者写道：**P < 0.05, ****P < 0.001。
  • 到了 Figure 6 的图注中，作者写道：**P < 0.05, ***P < 0.01。
    这在统计学规范中是非常低级的错误。通常 * 代表 P<0.05，** 代表 P<0.01，*** 代表 P<0.001。作者在不同图表中随意定义星号的含义，说明极大概率是在进行“画图脚本复制粘贴”时，没有统一修改参数。
• 证据：对比 Fig 4 和 Fig 6 下方的图注原话即可发现矛盾。
• 严重程度：🟡 (虽不至于是系统性数据造假，但反映出作者作图时流水线作业，缺乏统一的规范审查。)

发现 3：文本提取暴露的潜在排版/复制粘贴痕迹

• 位置：Figure 5a (TP53 基因的决策树热图及节点列表)
• 描述：虽然这可能是一个 PDF 文字提取的乱码问题，但在图 5a 下方，一连串基因名（TP53 NFE2L2 MAF HOXD12... CRMP1 PPM1B IRF1）在文本中重复出现了整整 4 次！这高度可疑：要么是作者在画图时，用了不同图层或者代码循环跑出来的冗余文本标签没有关掉；要么是生成了高度相似的子图进行了硬核拼接。
• 证据：提供的文本源中，同一长串基因名连续出现4次。
• 严重程度：🟡 (需查看原图确认是否为冗余的文本框覆盖。)

发现 4：数据引用与时间线（耿同学的时间线基准测试）

• 位置：全文
• 描述：以当前日期（2026-06-15）为基准，该论文的时间线非常健康。论文 Received: 27 July 2023，Accepted: 1 November 2024。使用的数据集（如 TCGA, STRING v11.0, TarBase v7.0）均为 2023 年前公开的成熟数据集。所用的 TensorFlow v.2.6.2 也是 2021 年底的版本，符合投稿时间逻辑。
• 证据：时间线和软件版本匹配逻辑自洽。
• 严重程度：✅ (未发现穿越时空的试剂或代码)

耿同学辣评

这是一篇典型的“只跑代码、不养老鼠”的生信顶刊文章。咱们“抓贼”不能总盯着 Western Blot 的背景噪点，得看他的逻辑！树模型（Transformer）玩得挺溜，画图画得挺花哨，结果硬生生在韦恩图（Fig 6f）里召唤出了一个正文里没怎么细写的“幽灵模型” RF，这是打算用魔法打败魔法吗？连个 P 值的星号（* vs **）在不同图里都能代表不同的意思，只能说代码跑得再快，Ctrl+C 和 Ctrl+V 的手速还是没跟上啊！写代码的理工男就是粗心，建议下次把图注交给统计学及格的同学对一遍。

建议后续行动

• 要求通讯作者（Lun Hu）解释 Figure 6f 中 "RF" 模型的来源及其在代码仓库（GitHub: Blair1213/TREE）中的具体对应脚本。
• 检查其在 GitHub 开源的代码，验证其生成 Fig 4 和 Fig 6 显著性标记的脚本，确认其统计学计算是否真的符合其改来改去的图注定义。
• 不建议举报造假，建议向编辑部（Nature Biomedical Engineering）发送邮件，指出其 Figure captions 和 Method descriptions 中存在的不一致，要求其进行 Erratum（勘误）。

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