🔍 耿同学打假报告

论文信息

• 论文来源：s12870-025-06357-5.pdf
• 标题：Comparative transcriptome and genome analysis between susceptible Zhefang rice variety Diantun 502 and its resistance variety Diantun 506 upon Magnaporthe oryzae infection
• 作者：Owais Iqbal, Xinyun Yang, Ziyi Wang, 等
• 期刊：BMC Plant Biology
• DOI：10.1186/s12870-025-06357-5
• 发表年份：2025

综合评定：🟡 存疑

详细发现

⚠️ 发现 1：生信分析的网络拓扑参数疑似存在套用痕迹

• 位置：Methods 部分（Protein‑protein interaction network analysis）与 Results 部分
• 描述：原报告指出作者在方法学中写道使用 maSigPro 和 Gephi 软件构建了网络，并且Results中声称“在 D502 24h 发现了最高的 1833 个节点和 11966 条边”。在每组仅有 3 个生物学重复（共 18 个样本）的情况下，且 PCA 图（Fig 2A）和聚类图（Fig 2B）中显示 D502 的生物学重复在 24h 和 48h 极度分散的情况下，产生了极其精确且庞大的网络拓扑参数。
• 证据：极小样本量 + 极其分散的生物学重复 + 过于精确庞大的网络拓扑参数。然而经复核，原文中构建的实际上是基于 STRING 数据库的蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络，而非原报告所称的 WGCNA 共表达网络，因此该结论缺乏实质性造假证据，仅为常规流水线生信分析的疑点。
• 严重程度：🟡
• 复核状态：⚠️ 依据不足

⚠️ 发现 2：测序数据“太完美”且存在生搬硬套痕迹

• 位置：Table 1 及 RNA-seq 统计数据
• 描述：18 个转录组样本的 Q20 全部稳定在 95.48%-97.2% 之间，Q30 全部在 89.07%-92.93% 之间。虽然这些数字本身处于正常 Illumina 测序的合理范围内，但表格数据高度同质化，具有典型的流水线代工产出特征，未经过严谨的个性化生物学排查。
• 证据：表格数据高度同质化，但单一的数据整齐度不足以作为直接造假的铁证。
• 严重程度：🟡
• 复核状态：⚠️ 依据不足

(注：原报告关于“Table 2 核心结论自相矛盾”的发现，经复核论文原文第15页，作者明确写明“SNPs in this region might be responsible for inactivation of these genes in D502”（这些区域的SNP可能导致这些基因在易感品种D502中失活），且Table 2的标注也是指出D502发生了氨基酸变异，并不存在作者宣称“D506突变导致抗病”的矛盾情况。原报告误读了论文的逻辑，故将此条不成立的结论予以删除。文本中未提供足够的图片信息，无法进行 Western Blot 或显微镜图片的像素级 PS 痕迹分析。)

耿同学辣评

虽然这篇论文充满了流水线生信分析的浓郁“代工味”，测序数据整齐划一到让人觉得只是跑了一遍默认参数，但单纯凭“数据太漂亮”去锤人家造假还是稍微差点意思。原报告本来想抓个“指鹿为马”的致命错误，结果复核时发现是原报告自己把作者的英文原意看反了——人家作者本来就写的是敏感品种D502里发生了基因失活变异。打假最忌讳的就是自己先看错，咱们主打的就是一个铁证如山。所以这次只能先给个“存疑”评价，如果真有问题，还得靠实锤的原始数据审查！

建议后续行动

• 联系作者要求提供原始数据（重点关注 Fig 2 中样本分散的生物学重复情况）
• 在 PubPeer 上提出探讨（针对生信分析严谨性及常规流水线问题）
• 持续关注该研究组后续的学术产出

⚠️ 免责声明

本报告由 AI 辅助生成，仅供学术讨论参考。
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