🔍 耿同学打假报告

论文信息

• 标题：木薯 MeHSF10 基因克隆及表达分析 / Clone and expression analysis of MeHSF10 in Manihot esculenta
• 作者：曾坚¹, 张艳秋¹, 陈丽萍¹, 吴春来², 胡伟²*
• 期刊：中国科学院科技论文预发布平台（chinaXiv预印本）
• DOI：chinaXiv:202005.00063v1
• 发表年份：2020年5月（预印本）
• 论文来源：202005.00063v1.pdf

综合评定：🟡 存疑

本文为基因克隆与表达分析类研究（含1张PCR电泳图、1张染色体定位示意图、1张多序列比对截图、1张进化树、3张FPKM柱状图）。经逐条复核，3条文本类发现（散点缺失、FPKM作定量、统计量缺失）均有原文正面依据成立，构成"诱导倍数不可独立验证"这一方法学缺陷；机器取证中出现的 copy-move 命中在大量规则刻度的统计图表与多序列比对图上属于常见良性同源（坐标轴/刻度/边框/序列行形成规则重复块），不构成独立造假证据。

详细发现

发现 1：FPKM 柱状图未叠加原始数据点，读者无法独立验证生物学重复

• 位置：Figure 6（11个组织）、Figure 7A（ABA时间梯度）、Figure 7B（PEG时间梯度）、Figure 8（PPD过程）
• 描述：1.2 节明确声明"每个样品设 3 次生物学重复"，但 4 张 FPKM 柱状图均仅显示均值柱+误差棒，未叠加 3 次重复的散点（dot plot）。从 Figure 6 图注可见 LB、SAM 等极低表达柱体几乎不可见但误差棒仍清晰"裸露"，与原文所称 n=3 一致，但散点的缺失使读者无法独立判断重复分布是否符合 3 次生物学重复的预期离散度。
• 证据：原文 1.2 节"每个样品设 3 次生物学重复"；Figure 6 图注列出 11 个组织缩写；Figure 7A/B 与 Figure 8 同样仅有柱体+误差棒。原报告引用的"在叶片中的表达最高""最高提高了 2.3 倍和 2.4 倍""提高了约 4.3 倍"等措辞均见于原文 2.4 节。
• 严重程度：🟡
• 复核状态：✅ 成立（原文 1.2 节与各 Figure 图注明确支持散点缺失的事实）

⚠️ 发现 2：RT-qPCR 内参基因缺失，FPKM 等价于绝对定量

• 位置：1.5 节"基因的表达分析"
• 描述：原文 1.5 节明文表述"ABA 处理、PEG 处理和 PPD 过程中的基因表达水平使用 FPKM … 表示"，全文确无任何 RT-qPCR + 内参基因（如 Tubulin、Actin、UBQ 等）验证步骤。作者直接将 FPKM 上升"2.3 倍""2.4 倍""4.3 倍"作为定量结论。FPKM 在胁迫条件下会因 library size 变化产生系统性偏差。
• 证据：1.5 节"使用 FPKM (Fragments per kilobase per million mapped reads) 表示"；2.4 节"分别最高提高了 2.3 倍和 2.4 倍""12 h 时达到最高水平，提高了约 4.3 倍"；方法学部分仅提及 RT-PCR 用于基因克隆，未提及任何 qPCR 验证。
• 严重程度：🟡
• 复核状态：⚠️ 存在良性解释（原文 1.5 节已声明"将相应处理的样品提取 RNA，建库并测序……使用 Tophat/Cufflinks 组装""表达水平使用 FPKM 表示"，作者系明确选用 RNA-seq 路线而非 qPCR 路线，属实验设计选择而非数据缺失；但该选择在胁迫条件下以 FPKM 直接报倍数变化仍属方法学局限）

发现 3："诱导倍数"无可复现的统计量

• 位置：2.4 节、图7、图8
• 描述：原文 2.4 节报"分别最高提高了 2.3 倍和 2.4 倍""12 h 时达到最高水平，提高了约 4.3 倍"，但未给出 n、SD、SE 或显著性检验 p 值，柱状图也无字母标记。原报告指出的取样时间点"0、6、12、48 h"与原文 1.2 节 PPD 处理部分"分别在 0、6、12、48 h 取样"完全一致；但原报告称"图7、图8 也未标注任何 p 值或字母标记"系描述 Figure 整体显示情况，原文图注仅写"表达量为 FPKM。下同"，并无统计标注。ABA/PEG 处理最高点对应时间点未在文中明示，原文仅给"分别最高提高了 2.3 倍和 2.4 倍"。
• 证据：1.2 节 PPD 取样时间"分别在 0、6、12、48 h 取样"；2.4 节"分别最高提高了 2.3 倍和 2.4 倍""12 h 时达到最高水平，提高了约 4.3 倍"；Figure 7、Figure 8 图注仅写"表达量为 FPKM。下同。"
• 严重程度：🟡
• 复核状态：✅ 成立（原文明确支持"诱导倍数"无配套统计量这一事实）

⚠️ 发现 4：机械式取证对统计图与多序列比对图命中 copy-move

• 位置：img-000（I2）、img-001（I4）、img-002（I6）、img-004（I9）、img-005（I11）、img-006（I13）、img-007（I15）
• 描述：PHP 程序在多张图片上以固定偏移命中 copy-move。img-001 为多序列比对截图（图4），img-002 为进化树（图5），img-004/005/006/007 为柱状图（图6/7/8 之一）。多序列比对与柱状图中规则排列的坐标轴、刻度线、网格线、序列行极易触发精确块匹配；进化树中节点与分支结构亦存在空间规则性。原文方法学（1.5 节）未声明统一图像导出管线或二次压缩参数，原文亦无 Western blot 等图像，故无法仅凭 hit 数判定造假。
• 证据：取证程序本身提示"图表中规则重复的元素（多面板坐标轴/边框/泳道条纹/刻度）也会形成同偏移匹配，须结合图像内容确认区域"。原文中未见任何正面支持"统一导出管线"的明确声明。多次命中同一偏移模式（如 (32,0) 在 img-000、img-002、img-004 同时出现）在线性刻度的柱状图中具有强良性解释（坐标轴竖直像素列高度重复）。
• 严重程度：🟡（线索层面）
• 复核状态：⚠️ 存在良性解释（柱状图的规则纵轴刻度列、多序列比对的固定行间距、进化树的规则分支走向均构成程序化过检的良性同源；原报告所提良性解释在线性坐标轴统计图中具有视觉正面支持，但仍不足以完全清除信号）

⚠️ 发现 5：PRNU 弱相似与噪声方差高 CV

• 位置：img-000 vs img-002（I16），全部图片 noise_variance（I1/I3/I5/I7/I8/I10/I12/I14）
• 描述：跨图 PRNU NCC=0.024（弱相关）、PCE=10.7；噪声方差 CV 范围 0.50–0.93。NCC 偏低本身不指向同源；CV 高对扫描件/翻拍件属天然现象。
• 证据：取证程序明确标注"单一 ⚠️ 不足以定罪"，且 NCC=0.024 已属弱相似区段；原文中无任何支持"同源造假"的视觉正面依据。
• 严重程度：🟡（线索层面）
• 复核状态：⚠️ 依据不足（程序本身已声明弱线索，原文无支持；不构成独立证据）

耿同学辣评

一篇 2020 年的预印本基因克隆+表达分析文章，做了该做的（基因克隆、蛋白结构域、进化树、启动子元件、组织/胁迫/PPD 表达谱），但"诱导倍数"既没叠散点也没配统计量，让读者只能信作者的笔。机器取证虽然报了几十条 copy-move 命中，但全是柱状图纵轴刻度列和多序列比对行间距的"假阳性狂欢"，定性来说更像导出管线/图像内容的视觉规律而非造假证据。如果作者补一张 qPCR 验证 + 散点叠加，论文立刻从"存疑"升级为"扎实"。

建议后续行动

• 联系作者要求提供 FPKM 原始数据表（每处理、每时间点、每重复的具体数值）
• 要求作者补充 RT-qPCR + 内参基因（Tubulin/Actin 等）验证
• 要求作者在柱状图上叠加散点并标注 n、SD/SE、p 值或字母标记
• 在 PubPeer 上提出"FPKM 在胁迫条件下作绝对定量的方法学局限"质疑
• 暂不向期刊编辑部举报（尚无实锤级别的图像或核心数据造假证据）

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