🔍 耿同学打假报告

论文信息

来源：Manuscript.pdf（投稿稿，MDPI Horticulturae 格式）
标题：ABA-Responsive Peach PpMYB6 Positively Regulates Freezing Tolerance but Retards Plant Growth through Direct Transactivation of PpCBF2
作者：Yiqin Du, Dongliang Zuo, Beibei Gong, Shilong Wang, Mohan Li, Ruxuan Guo, Junkai Wu, Xiao Xiao, Libin Zhang, Chenguang Zhang, Xiaoshuang Zhang
期刊：Horticulturae（2026, 12, x；DOI 为占位符 10.3390/xxxxx）
DOI：占位符，尚未正式发表
发表年份：2026（校样稿阶段，当前日期 2026-10-10，时间线自洽）

综合评定：🟠 高度可疑

详细发现

发现 1：基因组坐标与基因长度自相矛盾

位置：3.7 节 Bioinformatic Analysis of PpMYB6（第 14 页）
描述：文中同时声称 PpMYB6 位于桃基因组 4 号染色体，坐标为 "1,629,509–1,678,488 bp"，却又称 "with a total genomic length of 1,577 bp"。坐标区间跨度为 48,980 bp，与 1,577 bp 相差超过 30 倍。复核中考虑了良性假设（坐标或为基因 locus 跨度、1,577 为转录本长度，二者可并存），但原文未提供任何区分 locus 与转录本坐标的说明，48,980 bp 与 1,577 bp 的矛盾无法在原文内调和。
证据：三个数据点（坐标区间、1,577 bp、CDS 1,107 bp）均经程序化核验在原文命中。1,678,488 − 1,629,509 = 48,979 bp。CDS 1,107 bp 与 368 aa 蛋白（1,107/3 − 1 = 368）自洽，说明作者核对了小尺度数字，却在基因组尺度上给出无法调和的数据。所提良性解释在原文中无正面支持。
严重程度：🟠
复核状态：✅ 成立

发现 2：方法与结果中 3-AT 浓度不匹配

位置：2.9 节 Y1H 方法（第 5–6 页）与 Figure 12 描述（第 18 页）
描述：方法部分明确列出筛选自激活抑制的 3-AT 浓度梯度为 "20, 30, 40, 50, 60, and 70 mM"，但结果部分声称在 "supplemented with 55mM 3-AT" 条件下完成结合验证。55 mM 不在方法声明的测试浓度序列中。
证据：两个数据点（浓度梯度序列、55 mM）均经程序化核验在原文命中。良性解释（改稿时版本不一致）虽存在可能，但原文未提供任何说明，方法与结果无法对应。
严重程度：🟡
复核状态：✅ 成立

⚠️ 发现 3：正文存在明显文本错乱/模板粘贴残留

位置：3.9 节（第 18 页）；2.4 节（第 4 页）
描述：关键句 "To verify whether PpMYB6 directly interacts w(PpERF48, PpERF017, PpMYB6, PpWRKY46, PpWRKY40, and PpbHLH3 ith the promoter of PpCBF2…" 中，六基因列表被整段嵌入 "interacts with" 单词中间，导致核心结论段句子破碎。此现象高度疑似复制粘贴编辑事故，亦可能仅为校对疏忽，不必然指向数据造假，需作者说明稿件形成过程。另原文 2.4 节以 "0°C treatment"（即 0 h 未处理样本）作为 2−ΔΔCt 基线，属于时间零点对照的常见做法，基线定义问题证据不足。
证据：文本错乱与基因列表均经程序化核验在原文命中。
严重程度：🟡
复核状态：⚠️ 存在良性解释（复制粘贴/校对疏忽可导致文本错乱，不必然指向数据造假）

发现 4：Figure 2a 误差棒整齐划一（视觉+统计联合异常）

位置：Figure 2a（第 8 页）
描述：视觉分析（置信度：高）显示不同比较组（ABA 1/2/4 h、Cold 1/2/4 h）柱状图误差棒长度几乎完全相同；而正文报道的 DEG 数（如 "2,962 DEGs (1,548 upregulated and 1,414 downregulated)"）是 DESeq2 确定性计数，本不应带有跨组几乎等长的统计学误差棒。复核考虑的良性假设（误差棒来自三次生物学重复的 DEG 计数）无法解释不同时间点、不同处理间变异完全一致。
证据：DEG 计数数据点经程序化核验在原文命中；视觉分析摘要独立以高置信度标记该图误差棒异常。两项证据相互印证。
严重程度：🟠
复核状态：✅ 成立

⚠️ 发现 5：Figure 3 四个聚类面板疑似共用同一噪声模板

位置：Figure 3（第 10 页）
描述：视觉分析（置信度：中）发现四个子图（Cluster a–d）的灰色单基因趋势线在噪声分布模式、密度和波动幅度上表现出较高一致性，"仿佛使用了相同的随机噪声模板生成"。复核考虑的良性假设：经 log2(FPKM+1) 归一化和 mean-centering 处理（原文 2.3 节有明确声明）后，聚类图背景线条在视觉上趋于规整是可能的；同页多面板图在统一绘图模板下也可能呈现相似的背景纹理。该良性假设有原文方法学声明部分支持，故降级保留，需原始数据进一步确认。
证据：纯视觉/定性结论，无文本数据点可核验；视觉摘要以中置信度标记。
严重程度：🟠（降级观察）
复核状态：⚠️ 存在良性解释（归一化/mean-centering 处理与统一绘图模板可致背景线条趋同，原文 2.3 节有归一化声明）

⚠️ 发现 6：关键转基因表型数据无样本量、无统计学检验，效应量偏“理想化”

位置：Figure 10、Figure 11 及 3.8 节（第 16–18 页）
描述：WT 愈伤冷处理后 FW 下降 "51.2%"，OE 愈伤仅下降 "5.8%"；拟南芥存活率 WT "56.1%" vs OE "81.9%, 77.6%, and 79.3%"；株高 WT "23.5 cm" vs OE "16.4 cm, 15.7 cm, and 15.1 cm"。上述 6 个数据点均经程序化核验在原文命中，且全文未报告针对这些核心表型的样本量 n、标准差或统计检验（仅 Figure 12e 的 dual-luc 结果提及 P<0.05 字母标记）。复核考虑的良性假设：数据可能仅展示于图中含误差棒（Figure 10c/11e/11f caption 未声明误差棒或统计标记），或作者省略了统计细节准备补入校样——但原文无任何正面支持，"效应量完美→数据系反推"的推断目前属于疑点而非实证。降级保留，建议要求提供原始测量记录。
证据：6 个数据点原文命中；统计信息缺失经原文核对属实。
严重程度：🟠（降级为疑点）
复核状态：⚠️ 依据不足（数据点属实、统计报告缺失属实，但"数值系设定参数反推"缺乏直接依据）

⚠️ 发现 7：程序化数值取证提示全文数值分布异常（佐证性）

位置：全文数值（Table 1 基因 ID、DEG 计数、坐标、百分比等）
描述：机器取证显示末位数字分布偏离均匀（χ²=45.3, p≈0.0000），相邻末位相关性达 7.2σ。复核认为该检验前提在此存在问题：本文数值集合包含大量非随机的确定性整数（DEG 计数、基因 ID、基因组坐标、方法中的整数参数如 220 rpm、50 μL 等），其末位本就不服从独立均匀分布，末位检验的异常不能直接归因于数据造假，仅作弱线索保留。Benford 检验各阶 p 值（0.08–0.44）均未达显著，且基因 ID/坐标类数据不满足 Benford 前提，不作为证据。文本计量 AI 特征得分仅 0.15/1.0（轻微），不足以单独定罪。
证据：4 个引用数据点经程序化核验在原文命中。
严重程度：🟡
复核状态：⚠️ 依据不足（末位检验前提不满足：数值集合以非随机确定性整数为主；Benford 未达显著）

交叉验证说明：程序化图像取证中所有 copy-move 命中偏移量（(0,32)、(32,0)、(64,0)、(0,40)、(0,120)、(192,0) 等）均为 8/16 的整数倍，恰与多面板拼版图中面板网格/坐标轴边框的规则间距一致，属于工具自述的已知良性来源，不作为独立定罪证据；噪声方差类线索在图表类图像（平坦白底与密集数据区混合）中 CV 偏高属常见现象，且均未检出异常拼接块；PRNU 弱相似（NCC≈0–0.1）为阴性/弱信号，无证据价值。图像取证线索经反方论证后均予清除，但文本层面的硬性矛盾（发现 1、2、4）独立成立，加之发现 5、6、7 三处降级疑点同向存在，综合评定维持 🟠 高度可疑。未升级至 🔴 的原因：未能获取原始测序数据与未压缩原图，无法完成像素级定性。

耿同学辣评

基因组坐标自己和自己差了 30 倍，3-AT 浓度方法里没有、结果里冒出来，确定性 DEG 计数上画出等长误差棒——这稿子不是数据说话，是模板说话。图像取证这次的“复制的块”倒是都能用拼版网格解释，可文本里这些对不上的硬数字没法用网格糊弄。建议作者先回答"1,577 bp 到底住在哪条染色体上"，再谈抗寒机制。

建议后续行动

联系作者要求提供原始数据（RNA-seq fastq、qRT-PCR Ct 值原始记录、未压缩凝胶/表型原图、PpMYB6 基因组注释依据、核心表型的样本量与统计检验结果）
要求作者解释基因组坐标与基因长度的矛盾、3-AT 浓度方法-结果不一致、Figure 2a 误差棒的来源
核对 GSA 登录号 CRA047049 下的测序数据是否与论文报告的样本数与处理一致
在 PubPeer 上提出质疑（若正式发表后）
向期刊编辑部举报（校样阶段可直接联系 Academic Editor）
向作者所在机构学术委员会举报

⚠️ 免责声明

本报告由 AI 辅助生成，仅供学术讨论参考。
学术不端的最终认定需要专业机构调查。
我们支持学术诚信，但也尊重每一位研究者的名誉权。
如有异议，请以官方调查结论为准。
本工具不保证检测结果的准确性，误报和漏报均有可能。

🧮 证据合成（自动生成）

综合后验概率：99.7%（先验 5%）
95% 可信区间：[96.9%, 100%]
贝叶斯因子：BF = 5.92e+3（决定性（decisive））
综合评级：🔴 高度疑似
复核已排除线索：33 条（良性解释成立 / 检验前提不满足 / 说明性条目，未计入合成）

贡献最高的证据：

[发现1] 声称的基因组坐标跨度 48,979 bp 与'总基因组长度 1,577 bp'相差 30 余倍，二者不可能同时成立（llm/*，logLR=1.59）— 贡献 17.8%
[发现4] 不同处理组误差棒长度几乎相同；DESeq2 计数为确定性整数，本不应带等长误差棒，提示作图数据可疑（llm/*，logLR=1.59）— 贡献 16.3%
[发现5] 四个聚类子图的背景单基因趋势线噪声模式高度一致，疑似同一随机噪声模板生成，与程序化图像取证（多图 copy-move、img-004/img-016 噪声方差 CV>1.3）相互印证（vision/*，logLR=1.19）— 贡献 15%
[发现3] 核心结论句被整段基因列表打断，且 qRT-PCR 以 0°C 冷处理组自身作对照基线，相对表达定义存疑（llm/*，logLR=1.08）— 贡献 14.2%
[发现7] 末位数字分布严重偏离均匀（χ²=45.3, p≈0.0000，7.2σ 相关）作弱佐证；Benford 检验未达显著，适用性有限（llm/*，logLR=1.08）— 贡献 13.3%

免责：本小节由程序化贝叶斯合成自动生成，不构成学术不端判决。先验固定 5%，证据间按条件独立处理（可能高估相关证据的联合强度），LR 版本 geng_lr_v3（Phase 5 基准回归校准：任务级触发率比值+复核处置标签，n=11，向 v2 收缩 k=10）；可信区间与点估计来自同一后验（先验抽样 + LR 噪声的联合蒙特卡洛，区间随证据强度收敛）。请以正文具体发现与原始数据为准。

ABA-Responsive Peach PpMYB6 Positively Regulates Freezing Tolerance but Retards Plant Growth through Direct Transactivation of PpCBF2