[论文] BaseCamp — An Agentic AI Framework for Automating DNA Sequencing Data ...

论文概要

研究领域: ML 作者: Eranga Bandara, Xueping Liang, Asanga Gunaratna 发布时间: 2026-09-25 arXiv: 2609.21945

中文摘要

DNA测序流程涵盖质量控制、比对、变异检测和注释，如今已能由工作流管理系统可靠地大规模执行成熟工具。仍然停留在手动状态的是决策层：为样本和平台选择合适的质量阈值、裁定边界变异检出、诊断异常，以及确定哪些发现需要专家评审。这些决策重复性强、依赖判断力、在不同操作员之间不一致，且经常不被记录。本文介绍BaseCamp，一个用于自动化DNA测序流程决策层的新型智能体AI框架。框架将流程分解为六个专门的AI智能体，覆盖样本接收和质量控制、比对、变异检测、注释、跨阶段监控和报告。关键是，智能体不执行序列分析——成熟工具执行比对和检测，智能体负责选择工具、配置参数、解释输出并决定下一步。这把语言模型推理限制在其可靠的判断层，同时保留了现有工具链的可复现性。智能体推理由微调的领域专用大语言模型联盟驱动，在本地运行，测序数据不离开操作环境，采用人在环编排。

原文摘要

DNA sequencing pipelines are now reliably executed by workflow management systems, but the decision layer remains manual: selecting quality thresholds, adjudicating borderline variant calls, diagnosing anomalies. BaseCamp introduces an agentic AI framework that decomposes the pipeline into six specialized AI agents covering sample intake, alignment, variant calling, annotation, cross-stage monitoring, and reporting. Agents do not perform sequence analysis; established tools execute alignment and calling, while agents select, configure, interpret, and decide.

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